Principles, Statistical and Computational Tools for Reproducible Data Science

МООК
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  • 8 Sequences
  • Intermediate Level

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Course details

Syllabus

Module 1: Introduction to Reproducible Science

Module 2: Fundamentals of Reproducible Science

  • Definitions and Concepts
  • Factors affecting reproducibility

Module 3: Case Studies in Reproducible Research

Module 4: Data Provenance

  • Project Design
  • Journal Requirements
  • Repositories
  • Privacy and Security

Module 5: Computational Tools for Reproducible Science

  • R and Rstudio
  • Python, Git, and GitHub
  • Creating a repository
  • Data sources
  • Dynamic report generation
  • Workflows

Module 6: A optional deeper dive into Statistical Methods for Reproducible Science

  • Prediction Models
  • Coefficient of determination
  • Brier score
  • Area Under the Curve (AUC)
  • Concordance in survival analysis
  • Cross-validation
  • Bootstrap

  • Simulations

  • Clustering

Prerequisite

  • Basic knowledge of Rand Git
  • A computer that is capable of downloading software to run on it.

Instructors

Curtis Huttenhower
Associate Professor of Computational Biology and Bioinformatics
Harvard University

John Quackenbush
Professor of Computational Biology and Bioinformatics
Harvard University

Lorenzo Trippa
Associate Professor of Biostatistics
Harvard University

Christine Choirat
Research Associate
Harvard University

Editor

L’université Harvard (Harvard University), ou plus simplement Harvard, est une université privée américaine située à Cambridge, ville de l'agglomération de Boston, dans le Massachusetts. Fondée le 28 octobre 1636, c'est le plus ancien établissement d'enseignement supérieur des États-Unis.

Elle fait partie de l'Ivy League, regroupement informel des huit universités de la côte Est des États-Unis. Plus de 70 de ses étudiants ont reçu un prix Nobel. Le corps enseignant est constitué de 2 497 professeurs, pour 6 715 étudiants de premier cycle (undergraduate, en anglais) et 12 424 étudiants de cycle supérieur (graduate en anglais). Harvard attire des étudiants du monde entier (132 nationalités représentées en 2004).

Platform

EdX est une plateforme d'apprentissage en ligne (dite FLOT ou MOOC). Elle héberge et met gratuitement à disposition des cours en ligne de niveau universitaire à travers le monde entier. Elle mène également des recherches sur l'apprentissage en ligne et la façon dont les utilisateurs utilisent celle-ci. Elle est à but non lucratif et la plateforme utilise un logiciel open source.

EdX a été fondée par le Massachusetts Institute of Technology et par l'université Harvard en mai 2012. En 2014, environ 50 écoles, associations et organisations internationales offrent ou projettent d'offrir des cours sur EdX. En juillet 2014, elle avait plus de 2,5 millions d'utilisateurs suivant plus de 200 cours en ligne.

Les deux universités américaines qui financent la plateforme ont investi 60 millions USD dans son développement. La plateforme France Université Numérique utilise la technologie openedX, supportée par Google.

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