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The Multi-scale brain
课程
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英语
28 时
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教学大纲
1. Introduction
1.1. Introduction to the course, Sean Hill
1.2. Introduction to the Allen Institute for Brain Science data and tools, Terri Gilbert
1.3. Human Brain Atlasing, Danilo Bzdok
1.4. Graded quiz 1
2. Genetic Mapping of the mouse brain
2.1. Using whole-brain and single-cell gene expression to identify and characterize cell types, Vilas Menon
2.2. Genetic dissection of neural circuits, Trygve Bakken
3. Navigating gene expression data.
3.1. Accessing mouse gene expression data, Terri Gilbert
3.2. Navigating the human gene expression data, Terri Gilbert
3.3. Peer-graded assignment gene expression data
4. Multi-scale connectivity
4.1. Synaptic Mapping with Array Tomography, Forrest Collman
4.2. Mesoscale mapping, Jack Waters
4.3. The connectivity atlas, Terri Gilbert
4.4. Graded assignment mouse connectivity
5. Multi-scale modeling
5.1. Blue Brain, Sean Hill
5.2. Cell types and modeling, Werner von Geit & Elisabetta Iavarone
5.3. Graded assignment modeling
5.4. Building bio-physiologically constrained models of large-scale phenomena in the brain, Alain Destexhe
5.5. Graded quiz 2
6. Reconstructing micro-circuitry
6.1. Computational properties of human cortical microcircuits Huib Mansvelder
6.2. Modelling microcircuits, Michael Reimann
6.3. Graded quiz 3
7. Structure and function of the whole brain
7.1. Whole brain morpho-functional imaging: connecting a single neuron to whole brain, Francesco Pavone
7.2. Functional physiology of the mouse virtual cortex, Saskia de Vries
7.3. Brain observatory data sets, Terri Gilbert
7.4. Peer-graded homework
7.5. Graded quiz 4
8. Final exam
先决条件
Knowledge of ordinary differential equations, and their numerical solution.
Knowledge of programming in one of the following: Python (preferred), C/C++, Java, MATLAB, R.
讲师
Sean Hill
Professor
École polytechnique fédérale de Lausanne
Terri Gilbert
Dr.
Gilhou Scientific Communications
Forrest Collman
Dr.
Allen Institute for Brain Science
Trygve Bakken
Dr.
Allen Institute for Brain Science
Saskia de Vries
Dr.
Allen Institute for Brain Science
Jack Waters
Dr.
Allen Institute for Brain Science
Huib Mansvelder
Professor
Center for Neurogenomics and Cognitive Research
Vilas Menon
Dr.
Janelia research campus
Alain Destexhe
Dr.
Le Centre national de la recherche scientifique
Francesco Pavone
Professor
École polytechnique fédérale de Lausanne
Danilo Bzdok
Dr.
RWTH Aachen University
Michael Reimann
Staff Scientist
École polytechnique fédérale de Lausanne
编辑
洛桑联邦理工学院（EPFL）是位于瑞士洛桑的一所研究型大学，专门从事物理科学和工程学研究。
洛桑联邦理工学院是瑞士两所联邦理工学院之一。它由瑞士联邦政府创办，其使命如下：
培养具有国际最高水平的工程师和科学家
成为国家科技卓越中心
成为科学界与工业界互动的中心。
EPFL 被认为是世界工程和科学领域最负盛名的大学之一。在 2015 年 QS 世界大学排名中，该校总排名第 17 位，工程学专业排名第 10 位；在 2015 年泰晤士高等教育世界大学排名中，该校总排名第 34 位，工程学专业排名第 12 位。
平台
EdX est une plateforme d'apprentissage en ligne (dite FLOT ou MOOC). Elle héberge et met gratuitement à disposition des cours en ligne de niveau universitaire à travers le monde entier. Elle mène également des recherches sur l'apprentissage en ligne et la façon dont les utilisateurs utilisent celle-ci. Elle est à but non lucratif et la plateforme utilise un logiciel open source.
EdX a été fondée par le Massachusetts Institute of Technology et par l'université Harvard en mai 2012. En 2014, environ 50 écoles, associations et organisations internationales offrent ou projettent d'offrir des cours sur EdX. En juillet 2014, elle avait plus de 2,5 millions d'utilisateurs suivant plus de 200 cours en ligne.
Les deux universités américaines qui financent la plateforme ont investi 60 millions USD dans son développement. La plateforme France Université Numérique utilise la technologie openedX, supportée par Google.
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