Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU)

Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU)

课程
ru
俄语
35 时
此内容评级为 0/5
来源
  • 来自www.coursera.org
状况
  • 自定进度
  • 免费获取
更多信息
  • 7 序列
  • 等级 介绍

Their employees are learning daily with Edflex

  • Safran
  • Air France
  • TotalEnergies
  • Generali
Learn more

课程详情

教学大纲

Неделя 1. Введение. Вычислительный эксперимент в биологии. Эксперимент, теория и моделирование. Биологические молекулы. Вода. Аминокислоты и первичная структура белка. Типы вторичных структур. Третичная и четверичная структура белка.
Неделя 2. Проблема фолдинга белков. Примеры белков и белковых комплексов. Эксперименты на единичных молекулах. Нуклеиновые кислоты. База данных белковых структур . Пакет VMD для визуализации и анализа структуры биологических молекул.
Неделя 3. Молекулярная механика. Три фундаментальных принципа молекулярной механики: аддитивность, гипотеза переносимости и термодинамическая гипотеза. Понятие силового поля. Потенциальная функция и её параметры. Молекулярная динамика и крупнозернистое моделирование.
Неделя 4. Моделирование простой молекулы методами молекулярной динамики с использованием программного пакета NAMD2. Построение топологии системы: добавление недостающих атомов, молекул растворителя и ионов. Минимизация энергии, нагрев системы и равновесное моделирование.
Неделя 5. Графические процессоры (ГП). Архитектура ГП. Программирование на графических процессорах. Технология CUDA. Вычислительные ядра, работа с памятью ГП, организация работы программы. Пример.
Неделя 6. Численные методы молекулярной динамики и их реализация на центральном и графическом процессоре. Постановка задачи, реализация численного интегрирования уравнений движения.
Неделя 7. Численные методы молекулярной динамики и их реализация на центральном и графическом процессоре (продолжение). Реализация потенциалов ковалентного взаимодействия атомов. Реализация невалентного потенциала. Методы оптимизации расчёта.

先决条件

没有。

讲师

  • Artem Zhmurov - Division of Computational Mathematics

编辑

莫斯科物理技术学院(国立大学),简称 MFTI,是一所位于多尔戈普鲁德内和莫斯科的俄罗斯大学。

莫斯科物理技术学院于 1946 年 2 月由俄罗斯科学院在物理学家 Piotr Kapitsa 的推动下成立,旨在创建一所精英科学大学。正是在这里创立了物理技术教学法,使经过严格挑选的学生能够在导师的指导下制定自己的学习和研究计划。

平台

Coursera是一家数字公司,提供由位于加利福尼亚州山景城的计算机教师Andrew Ng和达芙妮科勒斯坦福大学创建的大型开放式在线课程。

Coursera与顶尖大学和组织合作,在线提供一些课程,并提供许多科目的课程,包括:物理,工程,人文,医学,生物学,社会科学,数学,商业,计算机科学,数字营销,数据科学 和其他科目。

完成这个资源,写一篇评论