Image Processing and Analysis for Life Scientists

МООК
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14 h
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Source
  • From www.edx.org
Conditions
  • Self-paced
  • Free Access
  • Fee-based Certificate
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  • 7 Sequences
  • Intermediate Level

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Course details

Syllabus

Week 1: Digital Images
Introduction to digital image formation and how optical systems go from objects to images.

Week 2: Colors
Review of human visual perception and the RGB color model. Introduction to the concepts of image bit-depth and lookup tables.

Week3: Operating on Images
Introduction to image scaling, interpolation, and mathematical operations of images, and why certain bit-depths are more suitable than others.

Week4: Filtering
Using image filtering to enhance or suppress features in an image for easing subsequent analysis. We cover linear, nonlinear and Fourier filtering with emphasis on examples.

Week 5: Image Segmentation
Introduction to image segmentation and overview of available methods (thresholding, clustering, machine learning) and morphological operations.

Week 6: Regions of Interest
Going from analyzed objects to regions of interest and results tables. Emphasis is made on how to best obtain unbiased measurements and produce a reusable image analysis workflows

Week 7: Colors, and dimensionality reduction
Introduction to color models, and color deconvolution. Overview of the concept of dimensionality reduction through image projections and reslicing and application to measuring moving objects.

Extra Week: ImageJ Macro Programming Prime
Presentation of basic programming principles applied to the ImageJ Macro Language. Crash course on variables arrays, loops, conditionals, available macro functions and writing custom functions.

Prerequisite

None.

Instructors

Arne Seitz
Dr. rer. nat.
École polytechnique fédérale de Lausanne

Romain Guiet
Dr.
École polytechnique fédérale de Lausanne

Olivier Burri
Mr
École polytechnique fédérale de Lausanne

Nicolas Chiaruttini
Dr.
Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)

Editor

L'École polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) est une université de recherche située à Lausanne, en Suisse, spécialisée dans les sciences physiques et l'ingénierie.

L'École polytechnique fédérale de Lausanne est l'une des deux écoles polytechniques fédérales suisses. Elle a été fondée par le gouvernement fédéral suisse avec la mission suivante :

former des ingénieurs et des scientifiques au plus haut niveau international
être un centre national d'excellence en science et en technologie
Fournir un centre d'interaction entre la communauté scientifique et l'industrie.
L'EPFL est considérée comme l'une des universités les plus prestigieuses au monde dans le domaine de l'ingénierie et des sciences. Elle est classée 17e au classement général et 10e dans le domaine de l'ingénierie dans le QS World University Rankings 2015 ; 34e au classement général et 12e dans le domaine de l'ingénierie dans le Times Higher Education World University Rankings 2015.

Platform

EdX est une plateforme d'apprentissage en ligne (dite FLOT ou MOOC). Elle héberge et met gratuitement à disposition des cours en ligne de niveau universitaire à travers le monde entier. Elle mène également des recherches sur l'apprentissage en ligne et la façon dont les utilisateurs utilisent celle-ci. Elle est à but non lucratif et la plateforme utilise un logiciel open source.

EdX a été fondée par le Massachusetts Institute of Technology et par l'université Harvard en mai 2012. En 2014, environ 50 écoles, associations et organisations internationales offrent ou projettent d'offrir des cours sur EdX. En juillet 2014, elle avait plus de 2,5 millions d'utilisateurs suivant plus de 200 cours en ligne.

Les deux universités américaines qui financent la plateforme ont investi 60 millions USD dans son développement. La plateforme France Université Numérique utilise la technologie openedX, supportée par Google.

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