Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU)

Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU)

МООК
ru
Русский
35 h
This content is rated 0 out of 5
Source
  • From www.coursera.org
Conditions
  • Self-paced
  • Free Access
More info
  • 7 Sequences
  • Introductive Level

Their employees are learning daily with Edflex

  • Safran
  • Air France
  • TotalEnergies
  • Generali
Learn more

Course details

Syllabus

Неделя 1. Введение. Вычислительный эксперимент в биологии. Эксперимент, теория и моделирование. Биологические молекулы. Вода. Аминокислоты и первичная структура белка. Типы вторичных структур. Третичная и четверичная структура белка.
Неделя 2. Проблема фолдинга белков. Примеры белков и белковых комплексов. Эксперименты на единичных молекулах. Нуклеиновые кислоты. База данных белковых структур . Пакет VMD для визуализации и анализа структуры биологических молекул.
Неделя 3. Молекулярная механика. Три фундаментальных принципа молекулярной механики: аддитивность, гипотеза переносимости и термодинамическая гипотеза. Понятие силового поля. Потенциальная функция и её параметры. Молекулярная динамика и крупнозернистое моделирование.
Неделя 4. Моделирование простой молекулы методами молекулярной динамики с использованием программного пакета NAMD2. Построение топологии системы: добавление недостающих атомов, молекул растворителя и ионов. Минимизация энергии, нагрев системы и равновесное моделирование.
Неделя 5. Графические процессоры (ГП). Архитектура ГП. Программирование на графических процессорах. Технология CUDA. Вычислительные ядра, работа с памятью ГП, организация работы программы. Пример.
Неделя 6. Численные методы молекулярной динамики и их реализация на центральном и графическом процессоре. Постановка задачи, реализация численного интегрирования уравнений движения.
Неделя 7. Численные методы молекулярной динамики и их реализация на центральном и графическом процессоре (продолжение). Реализация потенциалов ковалентного взаимодействия атомов. Реализация невалентного потенциала. Методы оптимизации расчёта.

Prerequisite

None.

Instructors

  • Artem Zhmurov - Division of Computational Mathematics

Editor

L'Institut de physique et de technique de Moscou (université d'État), ou MFTI, est une université russe située à Dolgoproudny et Moscou.

L'Institut de physique et de technologie de Moscou a été fondé en février 1946 par l'Académie des sciences de Russie à la demande pressante du physicien Piotr Kapitsa : l'objectif était de créer une université scientifique d'élite. C'est là que fut institué la pédagogie du Phystech, consistant à permettre à des étudiants triés sur le volet de composer leur propre programme d'études et de recherche sous la direction d'un tuteur.

Platform

Coursera - это цифровая компания, предлагающая массовые открытые онлайн-курсы, основанные учителями компьютеров Эндрю Нгом и Стэнфордским университетом Дафни Коллер, расположенные в Маунтин-Вью, штат Калифорния.

Coursera работает с ведущими университетами и организациями, чтобы сделать некоторые из своих курсов доступными в Интернете, и предлагает курсы по многим предметам, включая: физику, инженерию, гуманитарные науки, медицину, биологию, социальные науки, математику, бизнес, информатику, цифровой маркетинг, науку о данных и другие предметы.

This content is rated 4.5 out of 5
(no review)

What did you think of this course?

Complete this resource to write a review