Finding Mutations in DNA and Proteins (Bioinformatics VI)

Curso
en
Inglês
24 h
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Fonte
  • De www.coursera.org
CONDIÇÕES
  • Individualizado
  • Acesso livre
  • Certificado pago
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  • 6 sequências
  • Introductive Level

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Detalhes do curso

Programa de Estudos

  • Week 1 - Week 1: Introduction to Read Mapping

    Welcome to our class! We are glad that you decided to join us.

    In this class, we will consider the following two central biological questions (the computational approaches needed to solve them are shown in parentheses):

    1. How Do We ...
    2. Week 2 - Week 2: The Burrows-Wheeler Transform

      Welcome to week 2 of the class!

      This week, we will introduce a paradigm called the Burrows-Wheeler transform; after seeing how it can be used in string compression, we will demonstrate that it is also the foundation of modern read-mapping algorithms...

    3. Week 3 - Week 3: Speeding Up Burrows-Wheeler Read Mapping

      Welcome to week 3 of class!

      Last week, we saw how the Burrows-Wheeler transform could be applied to multiple pattern matching. This week, we will speed up our algorithm and generalize it to the case that patterns have errors, which models the biolo...

    4. Week 4 - Week 4: Introduction to Hidden Markov Models

      Welcome to week 4 of class!

      This week, we will start examining the case of aligning sequences with many mutations -- such as related genes from different HIV strains -- and see that our problem formulation for sequence alignment is not adequate for ...

    5. Week 5 - Week 5: Profile HMMs for Sequence Alignment

      Welcome to week 5 of class!

      Last week, we introduced hidden Markov models. This week, we will see how hidden Markov models can be applied to sequence alignment with a profile HMM. We will then consider some advanced topics in this area, which are ...

    6. Week 6 - Week 6: Bioinformatics Application Challenge

      Welcome to the sixth and final week of class!

      This week brings our Application Challenge, in which we apply the HMM sequence alignment algorithms that we have developed.

Pré-requisito

Nenhum.

Instrutores

Pavel Pevzner
Professor
Department of Computer Science and Engineering

Phillip Compeau
Visiting Researcher
Department of Computer Science & Engineering

Editor

A Universidade da Califórnia em San Diego é uma universidade pública de investigação em San Diego, Califórnia. Fundada em 1960 perto do já existente Scripps Institution of Oceanography, a UC San Diego é o mais meridional dos dez campus da Universidade da Califórnia e oferece mais de 200 programas de graduação e pós-graduação, matriculando 33.096 alunos de graduação e 9.872 alunos de pós-graduação. 

A UC San Diego é considerada uma das melhores universidades do mundo. Várias publicações classificaram os Departamentos de Ciências Biológicas e Ciências da Computação da UC San Diego entre os 10 melhores do mundo.

Plataforma

A Coursera é uma empresa digital que oferece um curso on-line massivo e aberto, fundado pelos professores de computação Andrew Ng e Daphne Koller Stanford University, localizado em Mountain View, Califórnia.

O Coursera trabalha com as melhores universidades e organizações para disponibilizar alguns dos seus cursos on-line e oferece cursos em várias disciplinas, incluindo: física, engenharia, humanidades, medicina, biologia, ciências sociais, matemática, negócios, ciência da computação, marketing digital, ciência de dados. e outros assuntos.Cours

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