- De www.coursera.org
Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU)
Curso
ru
Russo
35 h
Este conteúdo é classificado como 0 de 5
- Individualizado
- Acesso livre
- 7 sequências
- Introductive Level
Detalhes do curso
Programa de Estudos
Неделя 1. Введение. Вычислительный эксперимент в биологии. Эксперимент, теория и моделирование. Биологические молекулы. Вода. Аминокислоты и первичная структура белка. Типы вторичных структур. Третичная и четверичная структура белка.
Неделя 2. Проблема фолдинга белков. Примеры белков и белковых комплексов. Эксперименты на единичных молекулах. Нуклеиновые кислоты. База данных белковых структур . Пакет VMD для визуализации и анализа структуры биологических молекул.
Неделя 3. Молекулярная механика. Три фундаментальных принципа молекулярной механики: аддитивность, гипотеза переносимости и термодинамическая гипотеза. Понятие силового поля. Потенциальная функция и её параметры. Молекулярная динамика и крупнозернистое моделирование.
Неделя 4. Моделирование простой молекулы методами молекулярной динамики с использованием программного пакета NAMD2. Построение топологии системы: добавление недостающих атомов, молекул растворителя и ионов. Минимизация энергии, нагрев системы и равновесное моделирование.
Неделя 5. Графические процессоры (ГП). Архитектура ГП. Программирование на графических процессорах. Технология CUDA. Вычислительные ядра, работа с памятью ГП, организация работы программы. Пример.
Неделя 6. Численные методы молекулярной динамики и их реализация на центральном и графическом процессоре. Постановка задачи, реализация численного интегрирования уравнений движения.
Неделя 7. Численные методы молекулярной динамики и их реализация на центральном и графическом процессоре (продолжение). Реализация потенциалов ковалентного взаимодействия атомов. Реализация невалентного потенциала. Методы оптимизации расчёта.
Pré-requisito
Nenhum.
Instrutores
- Artem Zhmurov - Division of Computational Mathematics
Editor
O Instituto de Física e Tecnologia de Moscovo (Universidade Estatal), ou MFTI, é uma universidade russa situada em Dolgoproudny e Moscovo.
O Instituto de Física e Tecnologia de Moscovo foi fundado em fevereiro de 1946 pela Academia das Ciências da Rússia, a pedido do físico Piotr Kapitsa, com o objetivo de criar uma universidade científica de elite. Foi aqui que a pedagogia Phystech foi instituída, permitindo que estudantes seleccionados a dedo elaborassem o seu próprio programa de estudo e investigação sob a orientação de um tutor.
Plataforma
A Coursera é uma empresa digital que oferece um curso on-line massivo e aberto, fundado pelos professores de computação Andrew Ng e Daphne Koller Stanford University, localizado em Mountain View, Califórnia.
O Coursera trabalha com as melhores universidades e organizações para disponibilizar alguns dos seus cursos on-line e oferece cursos em várias disciplinas, incluindo: física, engenharia, humanidades, medicina, biologia, ciências sociais, matemática, negócios, ciência da computação, marketing digital, ciência de dados. e outros assuntos.Cours
Este conteúdo é classificado como 4.5 de 5
(nenhuma revisão)Este conteúdo é classificado como 4.5 de 5
(nenhuma revisão)Conclua este recurso para fazer uma avaliação