Informações principais
Sobre o conteúdo
In this course, you will learn how to use the BaseSpace cloud platform developed by Illumina (our industry partner) to apply several standard bioinformatics software approaches to real biological data. In particular, in a series of Application Challenges will see how genome assembly can be used to track the source of a food poisoning outbreak, how RNA-Sequencing can help us analyze gene expression data on the tissue level, and compare the pros and cons of whole genome vs. whole exome sequencing for finding potentially harmful mutations in a human sample. Plus, hacker track students will have the option to build their own genome assembler and apply it to real data!
Programa de estudos
- Week 1 - Week 1: Identifying the Culprit in a Food Poisoning Outbreak
This week, we will apply genome sequencing algorithms to identify the bacterium causing a deadly food poisoning outbreak. - Week 2 - Week 2: Comparing Gene Expression in Tissue Samples with RNA-Seq
In this week's Application Challenge, we will learn how RNA-Sequencing can be applied to perform tissue-level gene expression analysis. In particular, which is more similar on a gene expression level: different tissues from the same organism, or analogous tiss... - Week 3 - Week 3: Weighing the Pros and Cons of Whole Genome and Whole Exome Sequencing on a Human Sample
Comparing the differences between sequencing an entire human genome and sequencing only the exome, or the DNA that is eventually translated into protein. Can we obtain a complete picture of someone's genetic disease predispositions from only the exome, or is ...
Instrutores
Phillip Compeau
Visiting Researcher
Department of Computer Science & Engineering
Pavel Pevzner
Professor
Department of Computer Science and Engineering
Criador do conteúdo
A Universidade da Califórnia em San Diego é uma universidade pública de investigação em San Diego, Califórnia. Fundada em 1960 perto do já existente Scripps Institution of Oceanography, a UC San Diego é o mais meridional dos dez campus da Universidade da Califórnia e oferece mais de 200 programas de graduação e pós-graduação, matriculando 33.096 alunos de graduação e 9.872 alunos de pós-graduação.
A UC San Diego é considerada uma das melhores universidades do mundo. Várias publicações classificaram os Departamentos de Ciências Biológicas e Ciências da Computação da UC San Diego entre os 10 melhores do mundo.
Plataforma
A Coursera é uma empresa digital que oferece um curso on-line massivo e aberto, fundado pelos professores de computação Andrew Ng e Daphne Koller Stanford University, localizado em Mountain View, Califórnia.
O Coursera trabalha com as melhores universidades e organizações para disponibilizar alguns dos seus cursos on-line e oferece cursos em várias disciplinas, incluindo: física, engenharia, humanidades, medicina, biologia, ciências sociais, matemática, negócios, ciência da computação, marketing digital, ciência de dados. e outros assuntos.Cours
