Введение в Биоинформатику: Метагеномика (Introduction to Bioinformatics: Metagenomics)
date_range Débute le 27 mars 2017
event_note Se termine le 15 mai 2017
list 7 séquences
assignment Niveau : Introductif
label Physique, Chimie et Biologie
chat_bubble_outline Langue : Russe
card_giftcard 25.2 points
- /5
Avis de la communauté
0 avis

Les infos clés

credit_card Formation gratuite
timer 42 heures de cours

En résumé

Метагеномика — раздел геномики, изучающий геном не отдельного организма, а совокупности обитателей микробных сообществ, живущих в разных природных условиях. На протяжении 4,5 миллиардов лет микроорганизмы являются доминирующей формой жизни на Земле. При этом только 3-4% из них может быть выращено в лабораторных условиях, а об остальных мы не знаем практически ничего. Детальный анализ состава и функционирования сложных сообществ позволяет ответить на многие вопросы, связанные со здоровьем человека, охраной окружающей среды, хранением и переработкой продуктов питания, разработкой альтернативных источников энергии, и т.д. Такой анализ возможен только в результате биоинформатической обработки огромных массивов данных, получаемых при секвенировании суммарной метагеномной ДНК и/или отдельных генов. В предлагаемом курсе «Введение в биоинформатику: метагеномика» мы затронем вопросы подготовки метагеномных проб и особенностей их анализа; математических подходов, лежащих в основе созданных специально для этого типа данных программных продуктов; вопросы секвенирования и сборки метагеномов, их аннотации и применения. В ходе курса участникам будет предложен проект, в котором они смогут на практике применить полученные знания. В рамках этого проекта учащиеся будут самостоятельно работать с реальными данными, проведут самостоятельный анализ и сделают выводы о составе и функции выбранного для этого проекта сообщества. Курс «Введение в биоинформатику: метагеномика» преследует три главные цели: 1. ознакомить вас с задачами, которые ставит необходимость исследования сложных микробных сообществ перед медиками, биологами, программистами и математиками; методами их решения; программными продуктами и аналитическими платформами, созданными для работы с метагеномными данными; математическими алгоритмами, лежащими в основе этих программ 2. привить экспериментальные навыки работы с метагеномными данными, умение правильно планировать эксперимент, оценивать сложность задачи и требуемых для ее решения ресурсов (лабораторных и компьютерных), оценивать качество произведенных данных с точки зрения поставленной задачи, 3. научить правильно выбирать, а при необходимости и создавать, программные продукты для решения поставленной задачи Metagenomics – part of the genomics studies considering not a single organisms, but the whole microbial communities living in different environments. Over 4.5 billion years bacteria are the dominant form of life on Earth. However, only 3-4% of them can be grown in laboratories, and we know almost nothing about others. A detailed analysis of the composition and functioning of complex communities allows to answer a lot ot questions related to human health, environmental protection, food storage and processing, the development of alternative energy sources, etc. The only way do it is processing of huge amounts of bioinformatics data obtained by sequencing of the total metagenomic DNA or individual genes. In the course "Introduction to bioinformatics: Metagenomics" we will address the issues of sample preparation and metagenomic analysis; mathematical approaches used in such analysis; metagenome sequencing and assembling issues, annotation and application of the data. During the course, learners will be offered a project where they can apply acquired knowledge in practice. In this project, students will work with the real data, conduct independent analysis and draw conclusions about the composition and functions of the microbila community selected for the project. The course "Introduction to bioinformatics: Metagenomics" has three main objectives: 1. Give you outline of the problems the physicians, biologists, mathematicians and programmers meets studying complex microbial communities; methods to solve these problems; software and analytic platform designed to work with metagenomic data; mathematical algorithms underlying these programs 2. Make you familiar with experimental skills for metagenomic analysis, the ability to plan an experiment, to assess the problem complexity and the required resources (wet lab and computational), to assess the quality of the obtained data for the given problem. 3. Teach how to choose and, if necessary, create software for the given tasks

more_horiz Lire plus
more_horiz Lire moins
dns

Le programme

  • Week 1 - Week 1 - Introduction (Введение)
    The first week of our course will be dedicated to an overview of metagenomics. You will learn what metagenomics studies are and why this field of study has gained popularity in the current times. You will get acquainted with the basic approaches of metagenomic...
  • Week 2 - Week 2 - Experimental Data (Экспериментальные данные)
    Welcome to the second week of our course! This week is dedicated to experimental metagenomic data. We start with metagenomic DNA (mDNA) isolation and go on to sequencing and analysis to understand what is so special about this type of data.
    ...
  • Week 3 - Week 3 - Analytical Approaches: 16s analysis (Аналитические подходы: анализ 16S)
    This week we are going to explain how the analysis of the 16S rRNA gene sequences helps evaluate microbial diversity in metagenomic communities. You will learn about the databases that store already existing 16S sequences, and will be introduced to the analyti...
  • Week 4 - Week 4 - Analytical Approaches: Binning (Аналитические подходы: биннинг)
    Welcome to the fourth week of the course. It will be devoted to binning. Don’t know what that is? Then you will be even more interested to discover what the basis of this analytical approach is and how it helps simplify the analysis of very complex metagenomic...
  • Week 5 - Week 5 - Analytical Approaches: Metagenomic Assembly
    This week we will be talking about assembly of metagenomes. Many of you are already familiar with the assembly of individual genomes and know that this is not an easy task to accomplish. Metagenomic assembly is even more complicated! But do not worry! It too i...
  • Week 6 - Week 6 - Analytical Approaches: Annotation and Metabolic Pathway Analysis (Аннотация и анализ метаболических путей)
    The sixth week is dedicated to the annotation of the produced metagenomic sequences and to the analysis of metabolic pathways.We have assembled all we could and now want to learn as much as possible about the biology of the metagenomic community we are studyin...
  • Week 7 - Week 7 - Metagenomic Project (Метагеномный проект)
     
record_voice_over

Les intervenants

  • Alla L Lapidus, Professor, Department of Cytology and Histology
    Centre For Algorithmic Biotechnology
  • Михаил Райко, Постдок
    Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
  • Павел Добрынин, Младший научный сотрудник
    Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
  • Екатерина Черняева, Постдок
    Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
  • Николай Вяххиnan
    nan
store

Le concepteur

The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 25 000 students in SPbU studying over 200 programmes.
assistant

La plateforme

Coursera est une entreprise numérique proposant des formation en ligne ouverte à tous fondée par les professeurs d'informatique Andrew Ng et Daphne Koller de l'université Stanford, située à Mountain View, Californie.

Ce qui la différencie le plus des autres plateformes MOOC, c'est qu'elle travaille qu'avec les meilleures universités et organisations mondiales et diffuse leurs contenus sur le web.

Quelle note donnez-vous à cette ressource ?
Contenu
0/5
Plateforme
0/5
Animation
0/5

Vous pourriez être intéressé par...