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FUN MOOC
date_range Débute le 1 avril 2019
event_note Se termine le 19 juin 2019
list 4 séquences
assignment Niveau : Intermédiaire
chat_bubble_outline Langue : Français
language Sous titrage : Anglais
card_giftcard 240 points
Avis de la communauté
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Les infos clés

credit_card Formation gratuite
verified_user Certification gratuite
timer 24 heures de cours

En résumé

Vous prenez des notes et vous voulez vous y retrouver ? Vous faites des calculs sur ordinateur et vos résultats changent d’un jour à l’autre ? Vous aimeriez partager avec vos collègues vos analyses de données et vos développements méthodologiques et qu’ils puissent les réutiliser ?

  • Markdown pour la prise de note structurée
  • des Outils d'indexation (DocFetcher et ExifTool)
  • Gitlab pour le suivi de version et le travail collaboratif
  • Notebooks (jupyter, rstudio ou org-mode) pour combiner efficacement calcul, représentation et analyse des données

Vous apprendrez au cours des exercices à utiliser ces outils pour améliorer votre prise de notes, votre gestion des données et des calculs. Nous vous présenterons également les enjeux et les difficultés de la recherche reproductible.

À l’issue de ce MOOC, vous aurez acquis les techniques vous permettant de préparer des documents réplicables et de partager en toute transparence les résultats de vos travaux.

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Les prérequis

Le premier module ne requiert aucune connaissance particulière. Dès le deuxième module, une connaissance des bases du langage Python (librairies pandas, numpy et matplotlib) ou du langage R est nécessaire. Si vous ne connaissez pas les librairies Python, n'hésitez pas à suivre le chapitre correspondant du Mooc "Python 3 : des fondamentaux aux concepts avancés du langage" (semaine 7 : l'écosystème data science Python). Dans le quatrième module, nous traitons des sujets plus spécialisés dont chacun peut nécessiter des compétences particulières.
Un assez bon niveau en analyse de données et en statistique est nécessaire pour certains exercices de cette session. Néanmoins, même si vous ne pouvez pas compléter ces exercices, vous pourrez vous former sur de nombreux outils et méthodes pour la recherche reproductible. Nous espérons pouvoir proposer dans la session suivante (session 03) des alternatives à ces exercices avec des prérequis plus souples.

The first module assumes no particular prior knowledge. Starting from the second module, a basic knowledge of Python (with the libraries pandas, numpy and matplotlib) or R is required. In the fourth module, we treat more specialized topic, each of which may require specific competences.
A fairly good level of competence in data analysis and statistics is required for some exercises in this session. Nevertheless, even if you are unable to complete these exercises, you will be able to learn about many tools and methods for reproducible research. We hope to be able to propose alternatives to these exercises in the next session (session 03) with less demanding requirements.

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Le programme

  • Module 1 : Cahier de notes, cahier de laboratoire
  • Module 2 : La vitrine et l’envers du décor : le document computationnel
  • Module 3 : La main à la pâte : une analyse réplicable
  • Module 4 : Vers une étude reproductible : la réalité du terrain
  • Module 1: Taking notes and finding them back
  • Module 2: From the showcase to the full story: computational documents
  • Module 3: Diving in: a replicable analysis
  • Module 4: The rough road to real-life reproducible research
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Les intervenants

Christophe Pouzat
Christophe Pouzat est chercheur CNRS au laboratoire MAP5, mathématiques appliquées à Paris-Descartes. Il est en fait neurophysiologiste et travaille sur l’analyse de données ; la recherche reproductible lui permet une communication explicite avec les expérimentateurs, ce qui évite bien des erreurs.Christophe Pouzat is a CNRS researcher in the laboratory MAP5 (applied mathematics at Paris-Descartes). He is actually a neurophysiologist, working on the analysis of experimental data. Reproducible research enables him to communicate explicitly with experimentalists, avoiding many mistakes.

Arnaud Legrand
Arnaud Legrand est chercheur CNRS au Laboratoire d’Informatique de Grenoble. Il s’intéresse à l’évaluation de la performance de grandes infrastructures. Que ça soit lors de l’expérimentation ou lors de l’analyse des mesures, il est indispensable de capturer rigoureusement le processus utilisé.Arnaud Legrand is a CNRS researcher at the Laboratoire d'Informatique in Grenoble. His research interest is the evaluation of the performance of big computing infrastructures. Both for performing experiments and for analyzing the outcomes, it is essential to capture the process rigorously.

Konrad Hinsen
Konrad Hinsen est chercheur CNRS au Centre de Biophysique Moléculaire à Orléans et au Synchrotron SOLEIL à Saint Aubin. Il explore la structure et la dynamique des protéines par des méthodes computationnelles, qu’il tente de rendre reproductibles.Konrad Hinsen is a CNRS researcher at the Centre de Biophysique Moléculaire in Orléans and at the Synchrotron SOLEIL in Saint Aubin. He explores the structure and dynamics of proteins by computational methods, which he tries to make reproducible.

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Le concepteur

L'Institut national de recherche en informatique et en automatique (Inria) est un institut de recherche français en mathématiques et informatique. Créé le 3 janvier 1967 dans le cadre du Plan Calcul, il a le statut d'établissement public à caractère scientifique et technologique.

Son objectif est de mettre en réseau les compétences et talents de l'ensemble du dispositif de recherche français et international, dans ses domaines de compétence.

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La plateforme

France Université Numérique est le diffuseur des cours en ligne des établissements d’enseignement supérieur français et de leurs partenaires.

Il opère plusieurs plateformes de diffusion, dont la plus connue, FUN MOOC, est la première plateforme académique francophone mondiale. Grâce à de nombreux établissements partenaires, cette plateforme propose un vaste catalogue de cours s’enrichissant de jour en jour avec des thématiques variées et d’actualité.
 

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