Les infos clés
En résumé
Peut-on estimer la composition chimique d'un échantillon en quelques secondes et sans le toucher ? Identifier son origine ? Oui ! C'est possible, en réalisant l'acquisition d'un spectre de l'échantillon et son traitement avec des outils de chimiométrie.
Chemoocs est destiné à vous rendre autonome en chimiométrie. Mais le contenu est dense! C'est pourquoi le mooc a été divisé en deux chapitres. Le présent chapitre est le deuxième. Il porte sur les méthodes supervisées et la validation de méthodes analytiques. Le teaser ci-dessus donne plus de détails sur le contenu. Attention, les dates du teaser ne sont pas à jour!
Si vous êtes débutant, nous vous conseillons de commencer par le chapitre 1. Ainsi, vous suivrez plus facilement ce chapitre 2.
Chemoocs est orienté vers les applications de spectrométrie proche infrarouge, les plus répandues. Toutefois, la chimiométrie est ouverte à d'autres domaines spectraux : moyen infrarouge, ultraviolet, visible, fluorescence ou Raman, ainsi qu'à bien d'autres applications non spectrales.
Donc pourquoi pas dans votre domaine ?
Vous appliquerez vos connaissances en réalisant nos exercices d'application grâce au logiciel Chemflow, gratuit et accessible via un simple navigateur internet depuis un ordinateur ou un smartphone. Chemflow a été concu pour être aussi convivial et intuitif que possible. Ainsi, il ne nécessite aucune connaissance en programmation.
A la fin de ce mooc, vous aurez acquis le savoir-faire nécessaire pour traiter vos propres données.
Bienvenue dans le monde fascinant de la chimiométrie.
Les prérequis
Le programme
- Semaine 0 : - Présentation du mooc
- Semaine 1 : - Prétraitements (1/2) - Régression linéaire
- Semaine 2 : - PLSR-Régression aux moindres carrés partiels (1/2)
- Semaine 3 : - Prétraitements (2/2)
- Semaine 4 : - Discrimination (1/2)
- Semaine 5 : - Sélection de variables (1/2)
- Semaine 5 : - Robustesse des modèles
- Semaine 6 : - Robustesse des modèles
- Prise en main de la plateforme FUN
- Découverte du logiciel ChemFlow
- Introduction à la chimiométrie avec quelques définitions
- Statistiques simples
- PLSR-Régression aux moindres carrés partiels (2/2)
- Bonnes pratiques de modélisation
- Discrimination (2/2)
- Sélection de variables (2/2)
- Analyse de variance, ASCA
- Validation de méthodes (1/2)
- Validation de méthodes (2/2)
Les intervenants
Dominique BERTRAND
Ancien directeur de recherche à l'INRA, actuellement à la retraite. Dominique Bertrand est l'auteur de publications et d'ouvrages sur la spectroscopie infrarouge et la chimiométrie. Il est aujourd'hui consultant en chimiométrie et datascience.
Julien BOCCARD
Collaborateur scientifique au sein du laboratoire des Sciences Analytiques de l’Université de Genève. Julien Boccard développe des outils associant chimiométrie et bioinformatique pour l'analyse et l’intégration des données métabolomiques.
Jean-Claude BOULET
Ingénieur de recherche à l'INRA de Montpellier, UMR1083 Sciences Pour l'Oenologie. Jean-Claude Boulet est responsable de la chimiométrie pour la plateforme Polyphénols. Il est porteur du projet CheMoocs.
Philippe COURCOUX
Maître de conférences en Statistique et Informatique à ONIRIS Nantes. Philippe Courcoux travaille sur le développement de méthodes multidimensionnelles en sensométrie et chimiométrie.
Marjolaine DESCHAMPS
Ingénieur de recherche à l'INRA de Versailles-Grignon, UMR1402 ECOSYS, pôle Science du Sol. Marjolaine Deschamps développe et coordonne des analyses de contaminants organiques dans des matrices environnementales. Elle utilise notamment les plans d'expérience et est membre du groupe de travail INRA sur la validation des méthodes d'analyses.
Ludovic DUPONCHEL
Professeur à l'Université de Lille, rattaché au Laboratoire de Spectrochimie Infrarouge et Raman, UMR CNRS 8516. Ludovic Duponchel est physico-chimiste de formation. Il est Président du Groupe Français de Chimiométrie - GFC.
Martin ECARNOT
Ingéneur d'études à l'INRA de Montpellier, UMR1334 AGAP, équipe Ge²Pop. Martin Ecarnot developpe des méthodes de phénotypage par spectrométrie proche infrarouge et imagerie hyperspectrale sur du matériel végétal.
Amandine ETAYO
Ingénieur d’étude à l’INRA, au Laboratoire d’Analyses des Sols d’Arras. Amandine Etayo est chimiste et responsable qualité dans un contexte d’accréditation. Elle applique la spectroscopie proche infrarouge à la matrice « sol ». Elle est membre du groupe de travail INRA sur la validation des méthodes d'analyses et du réseau INRA « proche infrarouge».
Max FEINBERG
Ancien directeur de recherche à l’INRA à la retraite. Max Feinberg fut un initiateur de la chimiométrie en France à la fin des années 70. Il est l’auteur de nombreuses publications et ouvrages de référence sur la validation de méthodes d'analyse, et reste impliqué comme expert dans des commissions AFNOR et ISO.
Fabien GOGE
Ingénieur à IRSTEA de Montpellier, à l'UMR ITAP. Fabien Gogé est chimiométricien et développeur d'applications de traitements de données scientifiques. Il a participé au développement de ChemFlow.
Mohamed HANAFI
Chercheur en statistique appliquée à ONIRIS Nantes. Mohamed Hanafi axe ses activités de recherche sur les plans théoriques et pratiques autour de l’analyse de données structurées en blocs.
Benoît JAILLAIS
Ingénieur de recherche à l’INRA de Nantes, Unité Sensométrie Chimiométrie. Benoît Jaillais développe des méthodes chimiométriques pour extraire l’information de collections d’images en s’appuyant sur des méthodes multiblocs.
Anne JAULIN
Ingénieur d'études à l'INRA de Versailles, UMR1402 Ecosys, pôle Ecotoxicologie. Anne Jaulin est membre du groupe de travail INRA sur la validation des méthodes, et est chargée de mission qualité pour le département INRA Environnement et Agronomie.
Eric LATRILLE
Ingénieur de recherche à l'INRA au Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement à Narbonne. Eric Latrille développe des applications de traitements de données scientifiques. Il a participé au développement de ChemFlow.
Christophe LEBEGUE
Responsable formation SupAgro INRA à Montpellier. Christophe Lebègue est spécialiste en ingénierie de formation et pédagogie.
Sébastien PREYS
Docteur en chimiométrie et ingénieur agroalimentaire. Sébastien Preys est chef de projets au sein d'Ondalys, structure privée basée à Montpellier qui propose depuis 15 ans des services, études et formations en chimiométrie pour l'ensemble des filières industrielles.
Christelle REYNES
Ingénieur agronome et maître de conférences en biostatistiques à l'Université de Montpellier, rattachée à l'Institut de Génomique Fonctionnelle. Christelle Reynes developpe des méthodes d'analyse de données en grande dimension, notamment de sélection de variables pour l'identification de biomarqueurs.
Jean-Michel ROGER
Ingénieur IPEF à IRSTEA de Montpellier, UMR ITAP. Jean-Michel Roger est spécialiste en robustesse des étalonnages. Il est membre du GFC et de l’International Council for Near Infrared Spectroscopy, lauréat du prix Tomas Hirschfeld 2016. Il est porteur du projet CheMoocs.
Virginie ROSSARD
Assistant Ingénieur à l'INRA au Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement à Narbonne. Virginie Rossard développe des applications et base de données de logiciels scientifiques. Elle a participé au développement de ChemFlow.
Serge RUDAZ
Docteur en pharmacie. Serge Rudaz développe de nouvelles stratégies analytiques pour les sciences pharmaceutiques. Promu professeur Associé en 2012, il dirige le groupe d’Analyse Biomédicale et Métabolomique (ABM) à l’Université de Genève.
Douglas RUTLEDGE
Professeur de Chimie Analytique à AgroParisTech. Douglas Rutledge enseigne la spectroscopie et la chimiométrie. Il travaille actuellement sur l'Analyse en Composantes Indépendantes et les méthodes multiblocs appliquées à la caractérisation des aliments.
Robert SABATIER
Professeur de Statistique à l'Université Montpellier. Robert Sabatier travaille sur des domaines de recherche concernant : l'analyse multivariée, les multiblocs, les algorithmes génétiques ainsi que le choix des variables.
Cécile TREDANIEL
Ingénieur pédagogique à l'INRA de Montpellier. Cécile Trédaniel est spécialisée dans la coordination de projets coopératifs.
Myrtille VIVIEN
Maître de conférences en Statistique à l'Université de Montpellier. Myrtille Vivien travaille sur le développement de méthodes factorielles pour l'analyse et la modélisation des multiblocs.
Le concepteur
Agreenium est un consortium qui regroupe les principaux acteurs de la recherche et de la formation supérieure agronomiques et vétérinaires en France.
L’objectif de l’Institut est de créer une synergie étroite entre l’enseignement supérieur et la recherche agronomique, vétérinaire, forestière et du paysage, afin de conforter et de développer sa visibilité et son attractivité à l’international.
La plateforme
France Université Numérique est le diffuseur des cours en ligne des établissements d’enseignement supérieur français et de leurs partenaires.
Il opère plusieurs plateformes de diffusion, dont la plus connue, FUN MOOC, est la première plateforme académique francophone mondiale. Grâce à de nombreux établissements partenaires, cette plateforme propose un vaste catalogue de cours s’enrichissant de jour en jour avec des thématiques variées et d’actualité.
