- Sur www.coursera.org
Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU)
Cours
ru
Russe
35 h
Ce contenu est noté 4.5 sur 5
- À son rythme
- Accès libre
- 7 séquences
- Niveau Introductif
Détails du cours
Déroulé
Неделя 1. Введение. Вычислительный эксперимент в биологии. Эксперимент, теория и моделирование. Биологические молекулы. Вода. Аминокислоты и первичная структура белка. Типы вторичных структур. Третичная и четверичная структура белка.
Неделя 2. Проблема фолдинга белков. Примеры белков и белковых комплексов. Эксперименты на единичных молекулах. Нуклеиновые кислоты. База данных белковых структур . Пакет VMD для визуализации и анализа структуры биологических молекул.
Неделя 3. Молекулярная механика. Три фундаментальных принципа молекулярной механики: аддитивность, гипотеза переносимости и термодинамическая гипотеза. Понятие силового поля. Потенциальная функция и её параметры. Молекулярная динамика и крупнозернистое моделирование.
Неделя 4. Моделирование простой молекулы методами молекулярной динамики с использованием программного пакета NAMD2. Построение топологии системы: добавление недостающих атомов, молекул растворителя и ионов. Минимизация энергии, нагрев системы и равновесное моделирование.
Неделя 5. Графические процессоры (ГП). Архитектура ГП. Программирование на графических процессорах. Технология CUDA. Вычислительные ядра, работа с памятью ГП, организация работы программы. Пример.
Неделя 6. Численные методы молекулярной динамики и их реализация на центральном и графическом процессоре. Постановка задачи, реализация численного интегрирования уравнений движения.
Неделя 7. Численные методы молекулярной динамики и их реализация на центральном и графическом процессоре (продолжение). Реализация потенциалов ковалентного взаимодействия атомов. Реализация невалентного потенциала. Методы оптимизации расчёта.
Prérequis
Aucun.
Intervenants
- Artem Zhmurov - Division of Computational Mathematics
Éditeur
L'Institut de physique et de technique de Moscou (université d'État), ou MFTI, est une université russe située à Dolgoproudny et Moscou.
L'Institut de physique et de technologie de Moscou a été fondé en février 1946 par l'Académie des sciences de Russie à la demande pressante du physicien Piotr Kapitsa : l'objectif était de créer une université scientifique d'élite. C'est là que fut institué la pédagogie du Phystech, consistant à permettre à des étudiants triés sur le volet de composer leur propre programme d'études et de recherche sous la direction d'un tuteur.
Plateforme
Coursera est une entreprise numérique proposant des formations en ligne ouverte à tous fondée par les professeurs d'informatique Andrew Ng et Daphne Koller de l'université Stanford, située à Mountain View, Californie.
Ce qui la différencie le plus des autres plateformes MOOC, c'est qu'elle travaille qu'avec les meilleures universités et organisations mondiales et diffuse leurs contenus sur le web.
Complétez cette ressource pour donner votre avis