Algorithms for DNA Sequencing

Algorithms for DNA Sequencing

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Détails du cours

Déroulé

  • Week 1 - DNA sequencing, strings and matching
    This module we begin our exploration of algorithms for analyzing DNA sequencing data. We'll discuss DNA sequencing technology, its past and present, and how it works.
  • Week 2 - Preprocessing, indexing and approximate matching
    In this module, we learn useful and flexible new algorithms for solving the exact and approximate matching problems. We'll start by learning Boyer-Moore, a fast and very widely used algorithm for exact matching
  • Week 3 - Edit distance, assembly, overlaps
    This week we finish our discussion of read alignment by learning about algorithms that solve both the edit distance problem and related biosequence analysis problems, like global and local alignment.
  • Week 4 - Algorithms for assembly
    In the last module we began our discussion of the assembly problem and we saw a couple basic principles behind it. In this module, we'll learn a few ways to solve the alignment problem.

Prérequis

Aucun.

Intervenants

Ben Langmead, PhD
Assistant Professor
Computer Science

Jacob Pritt

Department of Computer Science

Éditeur

L’université Johns-Hopkins (Johns Hopkins University, ou JHU) est une université privée américaine, située à Baltimore dans le Maryland. Elle possède également des campus à Washington, à Bologne en Italie, à Singapour et à Nankin en Chine. Elle doit son nom à Johns Hopkins, un entrepreneur fortuné qui a légué à sa mort 7 millions de dollars à l'université.

Comptant parmi les universités les plus prestigieuses des États-Unis (surtout pour ses facultés de médecine et de santé publique, ainsi que pour son école d'affaires internationales), l'institution se définit comme la première « université de recherche » du pays. Au début de son histoire, elle s'est principalement inspirée de l'université de Heidelberg et du modèle d'instruction allemand de Wilhelm von Humboldt. En 2019, 39 lauréats du prix Nobel ont leur nom associé à l'université.

Plateforme

Coursera est une entreprise numérique proposant des formations en ligne ouverte à tous fondée par les professeurs d'informatique Andrew Ng et Daphne Koller de l'université Stanford, située à Mountain View, Californie.

Ce qui la différencie le plus des autres plateformes MOOC, c'est qu'elle travaille qu'avec les meilleures universités et organisations mondiales et diffuse leurs contenus sur le web.

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