date_range Starts on November 23, 2020
event_note End date February 17, 2021
list 31 sequences
assignment Level : Introductive
chat_bubble_outline Language : English
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Key Information

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About the content

Tuberculosis has been a scourge of humanity for hundreds of years. In the 18th and 19th centuries, tuberculosis was called the white plague and in some countries in Europe and the US was responsible for 20% or more of all deaths. Today, out of all infectious agents, tuberculosis remains the biggest killer, surpassing even HIV and malaria. In 2018, according to WHO, there were nearly 10 million new cases of tuberculosis and around 1.5 million people died from the disease, making it one of the top 10 causes of deaths worldwide. Although there are plans to eliminate it within the next couple of decades, the incidence is currently only falling by about 1.5% per year. Part of the problem is the nature of the disease, which takes months to develop and requires months of multi-drug chemotherapy to cure. It can also stay latent for decades and then emerge to cause serious illness. Another problem, this one man-made, is the drug resistance and multi-drug resistance that make TB much harder to cure.

To provide an up-to-date overview of the disease, the Institut Pasteur has created a MOOC dedicated to Tuberculosis. This course will provide a knowledge base that goes from the basics of TB to the current state of knowledge on various aspects of tuberculosis: the clinical picture, epidemiology, pediatric TB, factors affecting susceptibility to the disease, including HIV, diabetes and human genetics, immunology, vaccines, diagnosis, current and future ways to detect drug resistance, and how to treat drug sensitive and multi-drug resistant strains. It will also discuss clinically important non-tuberculous mycobacterial infections and how to diagnose and treat them. It will present recent advances in molecular techniques for diagnosis and drug sensitivity testing, including Whole Genome Sequencing, and the new, shorter and more effective treatment regimens to cure Multi-Drug Resistant TB.

The course aims at providing a broad overview of the current state of knowledge about tuberculosis for physicians, nurses and other health and public health workers, microbiologists, pharmacists, researchers and students. It will serve as a valuable update for people working with tuberculosis, a thorough introduction for those who are new to the field and a great opportunity for all those who want to broaden their understanding of the disease.

La tuberculose est un fléau de santé publique depuis des centaines d’année. Aux 18e et 19e siècles, on la qualifiait de peste blanche et dans certains pays en Europe et aux Etats-Unis, la tuberculose était responsable de 20% de tous les décès. Aujourd’hui, elle reste la maladie infectieuse la plus mortelle, devant le SIDA et le paludisme. En 2018, selon les chiffres de l’OMS, 10 millions de personnes ont contracté cette maladie et 1,5 million en sont mortes, faisant de la tuberculose l’une des dix premières causes de mortalité dans le monde. Malgré des plans d’élimination de la tuberculose dans les deux prochaines décennies, l’incidence annuelle ne diminue que de 1,5% par an. Le problème provient en partie de la nature même de la maladie, qui se développe lentement pendant des mois et dont le traitement nécessite plusieurs mois d’une association de plusieurs médicaments. La tuberculose peut aussi rester latente pendant des décennies puis émerger soudain et provoquer une maladie grave. Une autre difficulté, liée celle-ci à l’homme, provient de l’apparition de résistances au traitement, voire de multi-résistances, qui rendent la guérison beaucoup plus difficile.

L’Institut Pasteur a entrepris de réaliser ce MOOC pour faire le point sur la tuberculose et ses derniers développements. Ce MOOC couvrira pour les participants des sujets très variés, allant des connaissances de base jusqu’aux dernières découvertes sur les aspects cliniques, l’épidémiologie, la tuberculose infantile, les facteurs influant sur la susceptibilité à la maladie (infection par le VIH, diabète, facteurs génétiques), la réponse immune à l’infection, les vaccins, les méthodes de détection de la résistance et le développement de traitements efficaces contre la tuberculose (y compris multirésistante. Ce MOOC évoquera aussi les cas d’autres infections à mycobactéries (en dehors de la tuberculose), la manière de les détecter et de les traiter. Ce MOOC présentera également les avancées récentes des techniques moléculaires de diagnostic et de test de sensibilité aux médicaments, y compris le séquençage du génome complet et les nouveaux traitements contre la tuberculose multirésistante.

Ce MOOC vise à apporter un panorama large sur la tuberculose, s’appuyant sur les dernières découvertes des laboratoires, aux professionnels de santé et de santé publique, aux microbiologistes, aux pharmaciens, aux chercheurs et aux étudiants en sciences de la vie. Ce MOOC se propose également de servir de mise à jour pour les médecins, les infirmières et les travailleurs sociaux travaillant sur la tuberculose ou dans la prise en charge des malades, mais également d’introduction solide pour ceux qui ne sont pas familiarisés avec la maladie, souhaitent élargir leurs connaissances et améliorer leur compréhension.

Enrollement types/Formules d'inscription

To follow this course, you have the choice between two formulas. The DISCOVERY path gives you access to videos, quizzes and exchanges in the forum. Additionnaly, the QUALIFYING path gives you access to a qualifying exam.

Pour suivre ce cours, vous avez le choix entre deux formules. Le parcours DECOUVERTE vous donne accès aux vidéos, quiz et échanges sur le forum. De plus, le parcours QUALIFIANT vous donne accès à un examen certifiant.



Discovery path


If you opt for this path, you will have access to the videos, the quizzes and the exchanges in the forum. For this path, no certificate will be delivered. The registration is free.

Qualifying path

  • In addition to the activities offered in the DISCOVERY path, the QUALIFYING formula will allow you to obtain a certificate in the form of a "certificate". To do this, you will have to take a exam, monitored remotely, lasting 1 hour, consisting of 30 multiple choice questions (MCQ) and obtaining 18 correct answers.

  • The registration fee for the qualifying course is 150€.

  • Obtaining a qualifying certification is an opportunity for you to obtain a diploma. This course is one of the MOOCs of the Institut Pasteur's Digital Diploma in Infectious Diseases program (DNM2IP). For more information, see the Institut Pasteur web page, dedicated to this new diploma.



Parcours Découverte


Si vous optez pour ce parcours, vous aurez accès aux vidéos, aux quiz et aux échanges dans le forum. Ce parcours ne donnera pas lieu à la délivrance d'une attestation. L'inscription est gratuite.

Parcours Qualifiant

  • En complément des activités proposées dans le parcours DECOUVERTE, le parcours QUALIFIANT vous permettra d'obtenir un certificat. Pour cela, vous devrez suivre un examen surveillé à distance d’une durée d'une heure, consistant en 30 questions à choix multiples (QCM) et d'obtenir 18 bonnes réponses.

  • Le prix de l’inscription au parcours qualifiant est de 150€.
  • Obtenir une certification qualifiante est une opportunité pour vous d'obtenir un diplôme. En effet, ce cours est un des MOOCs du programme du Diplôme Numérique des Maladies Infectieuses de l'Institut Pasteur (DNM2IP). Pour en savoir plus, consultez la page web de l'Institut Pasteur, dédiée à ce nouveau diplôme.



Certificate and attestation of follow-up /Certificat et attestation de suivi

Please note, only the "Qualifying" path gives the right to a qualifying certification issued by Fun and the Institut Pasteur. There will be no certificate of follow-up, neither for the "Discovery" path, nor for the "Qualifying" path.

Attention, seul le parcours "Qualifiant" donne droit à une certification qualifiante délivrée par Fun et l'institut Pasteur. Par ailleurs, il n'y aura pas d'attestation de suivi, ni pour le parcours "Découverte", ni pour le parcours "Qualifiant".

Format/Format

This MOOC is organized in 6 weeks. Each week is composed of 4 to 6 sequences. In each sequence, you find a 10 minute video and two multiple choice questions (MCQ) to help students check their understanding. The videos are in English subtitled in French and in English. A certification exam (in English or in French) is accessible only for students registered to the “qualifying path”.

Ce MOOC est composé de 6 semaines d’enseignement. Chaque semaine comporte 3 à 6 séquences. Chaque séquence se compose d’une vidéo d’environ 10 minutes et de deux QCM afin que les étudiants testent leurs connaissances. Les vidéos sont en anglais sous-titrées en français et en anglais. A la fin de chaque chapitre, des questions à choix multiple en anglais vous seront posées. Un examen de certification (en français ou en anglais) est proposé aux étudiants inscrits au parcours qualifiant.

Requirements /Prérequis

This MOOC is aimed at people interested in Tuberculosis: microbiologists, researchers in infectious diseases, biologists, physicians, epidemiologists, public health workers and patient education, as well as students in any of these areas.

A bachelor of science, a degree in a health related field or a good scientific background is recommended to be able to participate in this MOOC.

Ce MOOC s'adresse à tous ceux qui souhaitent mieux comprendre les données actuelles et les challenges futurs de la tuberculose : microbiologistes, chercheur en infectiologie, médecins internes et infectiologues, épidémiologistes, médecins de santé publique et responsables institutionnels.

Il est conseillé de disposer d’une licence de sciences, d’un diplôme dans le domaine de la sante ou plus généralement de connaissances en sciences pour suivre ce MOOC.

in collaboration with /en collaboration avec

LOGO

The MOOC Tuberculosis has been produced by the Institut Pasteur, in collaboration with Shenzen Nanshan Center for Chronic Disease Control (Nanshan CCDC).

Le MOOC Tuberculosis a été produit par l’Institut Pasteur, en collaboration avec Nanshan Center for Chronic Disease Control (Nanshan CCDC)

Course Staff / L'équipe du MOOC

Howard Takiff

Howard Takiff, director

Howard Takiff was trained as a MD, specializing in infectious disease. After working on adenovirus and herpesvirus, he studied bacterial genetics in E. coli and then shifted to apply genetics to study tuberculosis. He set up his own lab in Caracas, Venezuela in 1991, focusing on TB resistance, virulence determinants and molecular epidemiology. He has worked as a tuberculosis clinician in Africa, New York City and Venezuela. He began working at the Institut Pasteur in 2015 and now works at the Shenzhen Nanshan Center for Chronic Disease Control on tuberculosis in Shenzhen, China.

Médecin de formation, formé en médecine interne et spécialiste des maladies infectieuses, Howard Takiff a d’abord travaillé sur les adénovirus, les herpèsvirus et la génétique bactérienne chez e. coli, avant d’appliquer la génétique à la tuberculose. En 1991, il crée son laboratoire à Caracas, au Venezuela, travaillant notamment sur la résistance à la tuberculose, les facteurs de virulence et l'épidémiologie moléculaire. Howard Takiff a également travaillé sur la tuberculose en Afrique, à New York et au Venezuela, en tant que clinicien. Il a commencé à travailler à l'Institut Pasteur en 2015, et travaille désormais sur la tuberculose au Shenzhen Nanshan Center for Chronic Disease Control


Fadel SAYES, Community Manager

Being fascinated by the immune system, I pursued my PhD studies in Immunology at the Pasteur Institute and the University of Paris-Diderot and defended my Thesis in 2013 with very honorable mention. During my Post-Doctoral studies carried out in Pr. Roland Brosch’s lab at the Pasteur Institute (2013-2019), I investigated the crucial role of the ESX-1 and ESX-5 type VII secretion systems of Mycobacterium tuberculosis in virulence, immunogenicity, and host-pathogen interaction. My work opens new prospects for the development of new live-attenuated vaccine candidates against tuberculosis. I am currently pursuing my research within the Integrated Mycobacterial Pathogenomics Unit, headed by Pr. Roland BROSCH, as a Senior Research Engineer.

Titulaire d’un Doctorat en Immunologie en 2013 de l’Université Paris-Diderot avec une mention très honorable, j’ai réalisé mes études de recherche à l’Institut Pasteur en tant que Post-Doc (2013-2019) sur l’interaction entre Mycobacterium tuberculosis et le système immunitaire de l’hôte. J’ai particulièrement focalisé sur l’impact crucial des systèmes de sécrétion de type VII ; ESX-1 et ESX-5 de M. tuberculosis sur la virulence, l’immunogénicité et les réponses immunitaires innées et adaptatives anti-mycobactériennes. Mes travaux de recherche ont ouvert de nouvelles perspectives pour la mise au point de nouveaux candidats vaccins vivants-atténués contre la tuberculose. Je poursuis actuellement mes recherches au sein de l’Unité de Pathogénomique Mycobactérienne Intégrée, dirigée par le Pr. Roland BROSCH, en tant qu’Ingénieur de Recherche Confirmé.

Course syllabus /plan du cours

Week 1: Introduction and TB Epidemiology // Première semaine : Introduction et Epidémiologie de la tuberculose

  • Presentation of patients/Présentation des patients
  • History of Tuberculosis/Histoire de la tuberculose
  • Tuberculosis epidemiology/Epidémiologie de la tuberculose
  • Interferon Gamma Release Assays for the diagnosis of Tuberculosis/Les tests Interferon Gamma Release Assays pour identifier une infection tuberculeuse
  • Pediatric tuberculosis/Tuberculose chez l’enfant
  • Tuberculosis, HIV, Diabetes/Tuberculose, VIH et Diabète

Week 2: TB Immunology // Deuxième semaine : Immunologie de la tuberculose

  • Immunology of Tuberculosis/Immunologie de la tuberculose
  • Mycobacterium tuberculosis interactions with host cells/Interactions entre Mycobacterium tuberculosis et les cellules de l’hôte
  • Interaction between Mycobacterium tuberculosis and the Host Immune System/Interactions entre Mycobacterium tuberculosis et le système immunitaire de l’hôte
  • Host-Pathogen interactions/Interactions hôte-pathogènes
  • BCG vaccination and other vaccines against tuberculosis/Vaccination par le BCG et autres vaccins contre la tuberculose

Week 3: Tuberculosis genomes: evolution, molecular epidemiology, drug resistance // Troisième semaine: Génomique de la tuberculose: Evolution, épidémiologie moléculaire, résistance au traitement

  • The evolution of tuberculosis-causing mycobacteria/Evolution des mycobactéries entraînant la tuberculose
  • Whole genome sequencing of M. tuberculosis as a epidemiological marker/ Séquençage du génome entier de M. tuberculosis comme marqueur épidémiologique
  • Core genome Multilocus Sequencing Typing (cgMLST) and Whole Genome Sequencing (WGS)/ Sequençage du génome entier (WGS) et typage par séquençage multilocus (MLST)
  • History of Drug resistance/Histoire de la résistance de la tuberculose aux traitements
  • The mutations that define XDR-TB/Les mutations qui définissent la résistance extensive aux traitements

Week 4: Drug Resistance // Quatrième semaine: Résistance au traitement

  • GeneXpert® and Xpert® MTB/RIF case studies/Etudes de cas résistants par le test MTB/RIF
  • Cultures, Hain, Isoniazid and Rifampicin resistance/Résistance à l’isoniazide et à la rifampicine
  • Pitfalls in the molecular diagnosis of Tuberculosis/ Pièges du diagnostic moléculaire de la tuberculose.
  • Clinical usefulness of whole genome sequencing: potential for improved management of MDR and XDR TB/Utilité du séquençage total du génome: intérêt pour la prise en charge des cas de multirésistance et de résistance extensive
  • Drug resistance prediction by genome sequencing/Prédiction de la résistance au traitement par séquençage
  • DEEPLEX/ DEEPLEX

Week 5: Treatment // Cinquième semaine: Traitement

  • Treatment of tuberculosis including MDR and XDR cases / Traitement de la tuberculose, incluant les cas de multirésistance et de résistance extensives
  • New drugs, new regimens/ Nouveaux traitements, nouvelles posologies
  • The short-course treatment for multidrug resistant tuberculosis/ les protocoles courts de traitement de la tuberculose multirésistante
  • New and rediscovered TB drugs/ Médicaments antituberculeux nouveaux et redécouverts
  • NTM detection and speciation; when to treat?/Détection et spéciation des mycobactéries non tuberculeuses

Week 6: Future Approaches and Challenges // Sixième semaine: Nouvelles approches, nouveaux challenges

  • New vaccines/ Nouveaux vaccins
  • Computer-Aided-Diagnosis for TB (CAB4TB) / Diagnostic de la Tuberculose assistée par ordinateur (CAB4TB)
  • Tuberculosis Drug Discovery/ Recherche de nouveaux médicaments anti tuberculeux
  • Microfluidics to study Phenotypic Heterogeneity in Mycobacteria / Intérêt de la microfluidique pour l’étude de l’hétérogénéité phénotypique des mycobactéries

Frequently Asked Questions

Targeted audience /A qui s’adresse ce MOOC ?

This MOOC is aimed at medical doctors, researchers, biology students and more generally at a public with a scientific background.

Ce MOOC s’adresse aux médecins, aux chercheurs, aux étudiants en biologie et plus généralement à un public scientifique large.

What web browser should I use?

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Conditions d'utilisation

Explications liées à la rubrique « FAQ »

Conditions d’utilisation du contenu du cours

Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification

Cette licence est la plus restrictive des six licences principales, n’autorisant les autres qu’à télécharger vos œuvres et à les partager tant qu’on vous crédite en citant votre nom, mais on ne peut les modifier de quelque façon que ce soit ni les utiliser à des fins commerciales.

Conditions d’utilisation des contenus produits par les participants

Droits réservés

Licence restrictive : la production relève de la propriété intellectuelle de son auteur et ne peut donc pas être réutilisée.

This MOOC was created by the Education Department of the Institut Pasteur.

This MOOC was realized with the support of the Fondation IPSEN, under the aegis of Fondation de France.

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Prerequisite

This MOOC is aimed at people interested in Tuberculosis: microbiologists, researchers in infectious diseases, biologists, physicians, epidemiologists, public health workers and patient education, as well as students in any of these areas.

A bachelor of science, a degree in a health related field or a good scientific background is recommended to be able to participate in this MOOC.

Ce MOOC s'adresse à tous ceux qui souhaitent mieux comprendre les données actuelles et les challenges futurs de la tuberculose : microbiologistes, chercheur en infectiologie, médecins internes et infectiologues, épidémiologistes, médecins de santé publique et responsables institutionnels.

Il est conseillé de disposer d’une licence de sciences, d’un diplôme dans le domaine de la sante ou plus généralement de connaissances en sciences pour suivre ce MOOC.

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The MOOC Tuberculosis has been produced by the Institut Pasteur, in collaboration with Shenzen Nanshan Center for Chronic Disease Control (Nanshan CCDC).

Le MOOC Tuberculosis a été produit par l’Institut Pasteur, en collaboration avec Nanshan Center for Chronic Disease Control (Nanshan CCDC)

dns

Syllabus

Week 1: Introduction and TB Epidemiology // Première semaine : Introduction et Epidémiologie de la tuberculose

  • Presentation of patients/Présentation des patients
  • History of Tuberculosis/Histoire de la tuberculose
  • Tuberculosis epidemiology/Epidémiologie de la tuberculose
  • Interferon Gamma Release Assays for the diagnosis of Tuberculosis/Les tests Interferon Gamma Release Assays pour identifier une infection tuberculeuse
  • Pediatric tuberculosis/Tuberculose chez l’enfant
  • Tuberculosis, HIV, Diabetes/Tuberculose, VIH et Diabète

Week 2: TB Immunology // Deuxième semaine : Immunologie de la tuberculose

  • Immunology of Tuberculosis/Immunologie de la tuberculose
  • Mycobacterium tuberculosis interactions with host cells/Interactions entre Mycobacterium tuberculosis et les cellules de l’hôte
  • Interaction between Mycobacterium tuberculosis and the Host Immune System/Interactions entre Mycobacterium tuberculosis et le système immunitaire de l’hôte
  • Host-Pathogen interactions/Interactions hôte-pathogènes
  • BCG vaccination and other vaccines against tuberculosis/Vaccination par le BCG et autres vaccins contre la tuberculose

Week 3: Tuberculosis genomes: evolution, molecular epidemiology, drug resistance // Troisième semaine: Génomique de la tuberculose: Evolution, épidémiologie moléculaire, résistance au traitement

  • The evolution of tuberculosis-causing mycobacteria/Evolution des mycobactéries entraînant la tuberculose
  • Whole genome sequencing of M. tuberculosis as a epidemiological marker/ Séquençage du génome entier de M. tuberculosis comme marqueur épidémiologique
  • Core genome Multilocus Sequencing Typing (cgMLST) and Whole Genome Sequencing (WGS)/ Sequençage du génome entier (WGS) et typage par séquençage multilocus (MLST)
  • History of Drug resistance/Histoire de la résistance de la tuberculose aux traitements
  • The mutations that define XDR-TB/Les mutations qui définissent la résistance extensive aux traitements

Week 4: Drug Resistance // Quatrième semaine: Résistance au traitement

  • GeneXpert® and Xpert® MTB/RIF case studies/Etudes de cas résistants par le test MTB/RIF
  • Cultures, Hain, Isoniazid and Rifampicin resistance/Résistance à l’isoniazide et à la rifampicine
  • Pitfalls in the molecular diagnosis of Tuberculosis/ Pièges du diagnostic moléculaire de la tuberculose.
  • Clinical usefulness of whole genome sequencing: potential for improved management of MDR and XDR TB/Utilité du séquençage total du génome: intérêt pour la prise en charge des cas de multirésistance et de résistance extensive
  • Drug resistance prediction by genome sequencing/Prédiction de la résistance au traitement par séquençage
  • DEEPLEX/ DEEPLEX

Week 5: Treatment // Cinquième semaine: Traitement

  • Treatment of tuberculosis including MDR and XDR cases / Traitement de la tuberculose, incluant les cas de multirésistance et de résistance extensives
  • New drugs, new regimens/ Nouveaux traitements, nouvelles posologies
  • The short-course treatment for multidrug resistant tuberculosis/ les protocoles courts de traitement de la tuberculose multirésistante
  • New and rediscovered TB drugs/ Médicaments antituberculeux nouveaux et redécouverts
  • NTM detection and speciation; when to treat?/Détection et spéciation des mycobactéries non tuberculeuses

Week 6: Future Approaches and Challenges // Sixième semaine: Nouvelles approches, nouveaux challenges

  • New vaccines/ Nouveaux vaccins
  • Computer-Aided-Diagnosis for TB (CAB4TB) / Diagnostic de la Tuberculose assistée par ordinateur (CAB4TB)
  • Tuberculosis Drug Discovery/ Recherche de nouveaux médicaments anti tuberculeux
  • Microfluidics to study Phenotypic Heterogeneity in Mycobacteria / Intérêt de la microfluidique pour l’étude de l’hétérogénéité phénotypique des mycobactéries
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Instructors

Howard Takiff
Howard Takiff was trained as a MD, specializing in infectious disease. After working on adenovirus and herpesvirus, he studied bacterial genetics in E. coli and then shifted to apply genetics to study tuberculosis. He set up his own lab in Caracas, Venezuela in 1991, focusing on TB resistance, virulence determinants and molecular epidemiology. He has worked as a tuberculosis clinician in Africa, New York City and Venezuela. He began working at the Institut Pasteur in 2015 and now works at the Shenzhen Nanshan Center for Chronic Disease Control on tuberculosis in Shenzhen, China.

Brigitte GICQUEL
Brigitte Gicquel (BG) is a biologist. She first studied molecular interactions between MTB and host cells and was a pioneer in the identification of molecular diagnosis probes and genes involved in virulence of MTB, the basis of a vaccine candidate under clinical trials. BG coordinated the efforts of the European Commission to find new vaccines against TB and is now the coordinator on the European NAREB project on nanotechnology and Infectious Diseases. She heads the Mycobacterial Genetics Unit at Institut Pasteur in Paris, and the Emerging Bacterial Pathogens Unit at the Institut Pasteur of Shanghai Where she works in collaboration with the CCDC

Catherine Pierre-Audigier
Catherine Pierre-Audigier was trained as an emergency room physician before choosing to work on infectious diseases. She specialized in molecular biology applied to tuberculosis. As a MD-PhD, she works both in the hospital and in the Mycobacterial Genetics Unit, at the Institut Pasteur. Within the institute, she has participated in many collaborative projects on the implementation of new TB diagnosis tools and detection of resistant TB in various Asian and African counties.

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The Institut Pasteur is a non-profit private French foundation dedicated to the study of biology, microorganisms, diseases and vaccines.

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